管理画面の上部に「WordPress 3.0 が利用可能です ! アップデートしてください。」と表示されますが、まだ、アップデートは行わないでください。
アップデートは、英語版のものです。日本語版のアップデートが出るまでおまちください。
尚、WordPress 3.0 の日本語テスト版では、アップデートを行っても影響は出ませんでした。
念の為、アップデート前に、バックアップを取ることをお勧めいたします。